La Fondation de la Basilique Notre-Dame a été constituée le 16 mai 1968. Elle est propriétaire des bâtiments, des installations et du mobilier. Sa mission consiste à assurer leur conservation et leur restauration et elle trouve les fonds nécessaires à cet effet. Elle assume les frais liés au bâtiment tels que chauffage, électricité et eau. Elle approuve les comptes annuels de la fondation.
Le conseil de fondation est constitué comme suit :
- M. Claude Joye, président
- M. l’Abbé Arnaud Evrat, recteur
- M. Christophe Mornod, secrétaire
- M. Jean-Yves Haymoz, président de la commission des orgues
- M. Jean-Baptiste Henry de Diesbach, représentant de l’Évêché
- M. Dominique Dreyer, président de l’Association des Amis
- M. Julien Duc, représentant de la Congrégation mariale
Le Conseil de Fondation, en accord avec le rectorat, approuve les demandes d’organisation de concert.